Etapp 3 omfattar Kvarnholmens östra delar med Siloplatsen, Disponentvillan samt naturmarker. Längs strandlinjen planeras ett allmänt gång- och cykelstråk.
Här planerar Nacka kommun att bygga en grundskola för 700 elever med ambitionen att göra den till världens bästa. Skolan ska ligga i den gamla Makaronifabriken och ska sammanlänkas med en nyare byggnad.
De monumentala siloanläggningarna som tidigare uppfattats som signarturbyggnader för Kvarnholmen har rivits på grund av deras dåliga skick. I etapp 3 kommer byggnaderna att ersättas med nya som påminner om silokomplexet.
Planen omfattar ca. 220 nya bostäder.
Detaljplanen vann laga kraft 2011.