De goda hamnförutsättningarna och det korta avståndet från stadskärnan ledde till att industrin etablerade sig tidigt på Kvarnholmen och Gäddviken. Redan 1621 etablerades Gäddvikens Bäckbruk här, 1871 tillkom en fabrik för  konstgödsel och svavelsyra.

”Hästholmen med sitt relativt skyddade läge, sina branta klyftor och utmärkta gömställen är en omtyckt tillflyktsort för lurendrejare”

– Carl Gustav Tessin, 1700-talet
Kvarnholmen (eller Hästholmen som den hette då) var relativt obebott innan slutet på 1800-talet och illa beryktat.

Aktiebolaget Tre Kronor köper mark och uppför Qvarnen Tre kronor som i 90 år kom att vara centrum för Sveriges bageriverksamhet.

Tio år senare invigdes Sveriges största motorbåtsvarv – Hästholmsvarvet. Här lät Ivar Kreuger bygga sina två motoryachter ”Loris” och ”Tärnan”.

1922 köptes Qvarnen Tre Kronor och så småningom hela ön av Kooperativa Förbundet för att få ner livsmedelspriserna genom egen produktion. Det blev startskottet för en epok i livsmedelsindustrins historia som kom att prägla hela Sverige.

KF stängde kvarnen under ett år för att bygga om och omvandla den tekniskt till världens mest effektiva kvarn.

När KF tog över Kvarnholmen präglades utvecklingen av en pionjäranda både vad gäller, teknik- och samhällsutveckling. Här fick bland annat funktionalismen sitt genombrott i Sverige: Sveriges första industrifunktionella silo uppförs. Havrekvarnen, en föregångare för funkisarkitekturen, byggs. Funktionalismen fokuserar på att inte dölja funktionen bakom sirliga tegelfasader, den skulle visas och till och med framhävas.  på 30-talet byggs även Sveriges första område med funkisradhus för kvarnens arbetare och tjänstemän.

Utvecklingen på Kvarnholmen speglade framväxten av det svenska folkhemmet i mitten på 1900-talet. Kvarnholmen blev med sina funkisbostäder, sin butik, och sin disponentvilla ett koncentrat av vad man inom det socialdemokratiska Sverige strävade efter; ett rationellt, sakligt men på samma gång ljust, hygieniskt och humanistiskt brukssamhälle.

Under Kvarnens glansdagar som arbetsplats fanns marketenteri med matsal och omklädningsrum, post, bibliotek, tennisbana och morgongymnastik för arbetarna. Kvarnholmen hade även sin egen kör, skytteklubb och spisbrödsbalett.

KF fortsatte under många decennier att bygga till, automatisera och effektivisera produktionen. Men på 1980-talet började lönsamheten att gå ner och den ena verksamheten efter den andra avvecklades. 1992, 70 år efter att KF först köpt kvarnen, valde KF att lägga ner all verksamhet på Kvarnholmen.

Flera av de gamla industrilokalerna på centrala Kvarnholmen fortsatte därefter att användas för olika verksamheter som replokaler, TV-studio, lager, konstnärsateljéer och skolor för Nackademin, Cybergymnasiet och Quarnholmens skola.

”Kvarnholmen ska göra Sverige till en intellektuell stormakt!”

– Per Unckel, utbildningsminister, 1994 om planerna att förlägga ett universitetscampus på Kvarnholmen. Men valet föll på Södertörn istället.

Efter millennieskiftet började arbetet med att väcka ön ur sin slumrande tillvaro. Det fanns storslagna planer för Kvarnholmen och KF utforskade möjligheten att förlägga ett Nobelcentrum, en ny högskola, ett östersjöcentrum och ett konst campus. Men inget föll i god jord.

I mitten på 2000-talet antogs ett nytt planprogram med en vision att Kvarnholmen skulle bli en levande stadsdel med bostäder, arbetsplatser, service och bra kommunikationer. Samtidigt valde KF att ta in en partner från byggindustrin och Kvarnholmen Utveckling bildades tillsammans med JM.

Den 30 april 2012 är JM:s nybyggda kajhus på Kvarnholmens norra sida klara för första inflyttning. Antalet boende på Kvarnholmen ökar med femtioprocent till 300 personer. 2016 bor ca 1200 personer på Kvarnholmen.